Desenvolupament d’un protocol de seqüenciació massiva per al diagnòstic de la influença porcina.
Autor: Albert Martí Sabarí
Centre: BELL-LLOC DEL PLA
Document:
tdruvic.pdf
(1.39 MB)
El virus de la influença porcina és un virus d'ARN monocatenari que provoca la grip porcina. En el sector alimentari, és causant de grans pèrdues econòmiques en la indústria càrnia, de manera que és molt rellevant. Com a malaltia, la grip s'expandeix molt fàcilment durant una epidèmia, de manera que pot infectar grans poblacions molt fàcilment i donar lloc a moltes baixes. A més, a causa de l'alta taxa de mutació del virus, no pot elaborar-se una vacuna definitiva, sinó que aquesta s’ha d'anar actualitzant.
L'objectiu principal del treball és seguir una sèrie de procediments de biologia molecular per tal d'obtenir la seqüència del genoma d'un virus aïllat en la mostra inicial. Això inclou extracció d’àcids nucleics, quantificacions per mitjà d’una RT-qPCR i la seqüenciació massiva. A partir de la seqüència es pot fer un estudi bioinformàtic per a fer el diagnòstic del virus.
Comparant-lo amb una seqüència de consens es comprova la qualitat de la lectura. Llavors, creant una base de dades pròpia, poden construir-se arbres filogenètics comparant els genomes amb virus d’altres zones geogràfiques i altres anys. En el treball, s’ha fet un estudi dels gens M, Na i Ha. Aquests dos últims permeten la classificació en funció dels termes “N” i “H” que caracteritza els virus segons les seves proteïnes de membrana. La informació obtinguda pot fer-se servir en futurs estudis poblacionals i veure com es comporta la quasi-espècie vírica al llarg del temps.
Els resultats obtinguts son principalment de caràcter gràfic. En primer lloc, queda comprovat que el procés té un mínim error experimental, ja que els resultats són prou precisos per a treure conclusions. A partir dels arbres filogenètics, doncs, es pot concloure amb una certesa d’entre el 99% i el 100% que el virus estudiat es tracta, efectivament, d’influença porcina A del tipus H1N1 de porcs d’origen espanyol.
L'objectiu principal del treball és seguir una sèrie de procediments de biologia molecular per tal d'obtenir la seqüència del genoma d'un virus aïllat en la mostra inicial. Això inclou extracció d’àcids nucleics, quantificacions per mitjà d’una RT-qPCR i la seqüenciació massiva. A partir de la seqüència es pot fer un estudi bioinformàtic per a fer el diagnòstic del virus.
Comparant-lo amb una seqüència de consens es comprova la qualitat de la lectura. Llavors, creant una base de dades pròpia, poden construir-se arbres filogenètics comparant els genomes amb virus d’altres zones geogràfiques i altres anys. En el treball, s’ha fet un estudi dels gens M, Na i Ha. Aquests dos últims permeten la classificació en funció dels termes “N” i “H” que caracteritza els virus segons les seves proteïnes de membrana. La informació obtinguda pot fer-se servir en futurs estudis poblacionals i veure com es comporta la quasi-espècie vírica al llarg del temps.
Els resultats obtinguts son principalment de caràcter gràfic. En primer lloc, queda comprovat que el procés té un mínim error experimental, ja que els resultats són prou precisos per a treure conclusions. A partir dels arbres filogenètics, doncs, es pot concloure amb una certesa d’entre el 99% i el 100% que el virus estudiat es tracta, efectivament, d’influença porcina A del tipus H1N1 de porcs d’origen espanyol.